Apontamentos históricos antigos afirmam que o sertanista Francisco Xavier da Rocha, que havia sido capitão-mor em Minas Gerais, por volta de 1728 transferiu-se para São Paulo, a fim de tentar maior sorte na mineração do Paranapanema. Trouxe todos os seus escravos e fundou a Freguesia de Santo Antônio das Minas. Mais tarde, deu início a um arraial num local chamado Rocinha, e que hoje é a cidade de Apiaí. Mas, existe ainda uma outra versão que diz que a vila foi formada por dois irmãos que por ali se perderam e se evolveram também com a mineração.
Muitos pontos há ainda a esclarecer sobre a história dessa cidade, pois existiu, também segundo registros oficiais, a presença do Tenente-Coronel Custódio Francisco Pereira na região. Consta que, em 1775 ele teria ganhe esse título de D. Luiz Antônio Souza, por ocasião da instalação da Câmara Municipal e do Pelourinho, no momento em que ra demarcado o Rocio. O certo é que Apiaí está intimamente ligada à mineração e à história mais antiga do Estado de São Paulo e seus recursos naturais são de extrema beleza. Algumas ruínas como a Vila Velha do Pião são mostras desse passado.
Há vestígios de ocupação humana de mais de 5.000 anos. Pesquisadores promovem escavação arqueológicas nessas áreas, que tem acesso restrito.