Na Europa corria a notícia que pela região do Rio Ribeira do Iguape o ouro era abundante e não era preciso nem garimpar. A Coroa Portuguesa se apressou então em enviar uma poderosa expedição para a colônia. Sob o comando de Martim Afonso de Souza, a armada atraca na ilha do Bom Abrigo, em Cananéia em 1531, data mais tarde considerada a da fundação oficial, e lá já encontra um povoado formado com quase duzentas pessoas, dentre elas degredados ou náufragos espanhóis e portugueses, que lá chegaram no início do século XVI.
A origem do nome Cananéia, vem da lenda mais antiga da região, que se refere à mulher do bacharel Mestre Cosme Fernandez que atribui-se a índia Caniné, filha do Cacique Maratayama (Mara = mar, tayama = terra).
Nos limites do Tratado de Tordesilhas, Cananéia, (do tupi guarani Caniné, nome da filha do cacique local), sempre foi testemunha de conflitos relativos às demarcações de terra, e entre os aventureiros e piratas espanhóis, portugueses ou franceses que passavam por ali a procura das riquezas do novo mundo.
De certa forma isso foi bom para Cananéia, que se viu obrigada a desenvolver uma produção de meios de transporte para as tropas que se dirigiam ao Sul. Dotada de um excelente porto natural, a construção naval ganhou espaço por todo o século XVII e XVIII. Em 1782 já contava com dezesseis estaleiros além de mais de duzentas embarcações produzidas. Já no século XIX tal atividade decaiu em função do avanço da extração madeireira para exportação e a “indústria naval” passa a servir quase que somente à pesca.
Hoje Cananéia tem no turismo e na pesca suas principais atividades e se destaca por ter dentro do seus limites seis importantes unidades de conservação ambiental, além de se um importante núcleo urbano tombado Patrimônio Histórico pelo Condephaat.